È interessante come, scelta una qualsiasi operazione da fare con immagini, la soluzione sia al 99% dei casi la stessa: ImageMagick.

Dovevo creare un pdf da una serie di immagini che terminavano con un numero crescente (HPIM3960.JPG, HPIM3961.JPG,ecc) appena uscite dalla fotocamera. Tutto quello che ho dovuto fare è stato:
convert -define pdf:use-trimbox=true *.JPG nome_file_a_scelta.pdf

e mi sono ritrovato con il mio bel pdf bello e pronto :)